企业是技术创新的主体。在种业创新中，种业企业也应发挥主导作用。种业企业，特别是优势种业企业，对技术、人才、资源、资本等创新要素具有较强的组装能力，就像电脑主板一样，使科研、生产、市场、投资等都能找到相应的“接口”。”，从而促进创新成果加速产出和转化。

但目前的现状是，我国种业企业大多小、散、弱，科研投入不足，自主研发能力薄弱。种业的创新力量更多集中在科研机构。受评价机制和体制机制限制，科研与生产之间的两张皮问题凸显。一个直观的表现就是，培育出来的新品种很多，但真正能在市场上推广、受欢迎的好品种还很少。

因此，要加快构建以企业为主体的商业育种体系，引导资源、技术、人才、资本等要素向优势种业企业集聚，同时不断优化营商环境，强化知识产权保护。保护，营造健康的创新土壤。

强化企业主体地位并不意味着削弱科研机构的作用。在种业创新中，科研机构和种业企业应同向而行，优势互补，构建紧密的利益联盟。科研机构要充分发挥技术和人才优势，聚焦基础研究领域，为种业企业创新提供底层技术支撑；种业企业要在应用创新上下功夫，面向行业和市场需求，加快创新成果转化。