为落实以江泽民为核心的中共中央作出的实施西部大开发、加快中西部地区发展的战略决策，加强西部开发的组织领导，中华人民共和国国务院决定成立国务院西部地区开发领导小组。2000年1月16日，《国务院关于成立国务院西部地区开发领导小组的决定》（国发〔2000〕3号）发出，内称“为实施西部大开发战略，加快中西部地区发展，决定成立国务院西部地区开发领导小组。”
2000年7月26日，《国务院关于同意增加人事部等单位为国务院西部地区开发领导小组成员的批复》（国函〔2000〕93号）同意增加人事部部长宋德福、建设部部长俞正声、对外经济贸易合作部部长石广生、国家环保总局局长解振华为国务院西部地区开发领导小组成员，人事部和国家外专局作为一个单位参加领导小组。
2003年3月21日，《国务院关于议事协调机构和临时机构设置的通知》（国发〔2003〕10号）发出，规定“国务院西部地区开发领导小组，在国家发展和改革委员会单设办事机构。”
2008年3月21日，《国务院关于议事协调机构设置的通知》（国发〔2008〕13号）发出，规定“国务院西部地区开发领导小组，撤销其单设的办事机构，具体工作由国家发展和改革委员会承担。”